Nómina campeona de la Copa Colombia 1989: José Fernando Hernández, Wilmer Cabrera, Hernando Cuero, Manuel Rincón, Miller Cuesta, William Palmero Morales, Tulio Hernán Guerrero, José Romeiro Hurtado, John Edison Álvarez, Manuel Acisclo Córdoba, Héctor Ramón Rambo Sossa, Armando Pollo Díaz, Germán Morales, Adolfo Tren Valencia, Freddy Rincón, Luis Alfonso Cheo Romero, Eduardo Niño, Víctor Manuel Rozo, Roberto Alfonso Cañón, Carlos Alberto Baquero, Juan Carlos Rodríguez, Adolfo Holguín, José Freddy Hurtado, Dorian Zuluaga, Fabián Martínez, Rubén Darío Ramírez, camiseta gasol españa Fernando Vásquez y Alfredo Hurtado. Para esta época, y bajo la dirección técnica de Jorge Luis Pinto y Diego Edison Umaña respectivamente, se destacaron con el equipo Freddy Rincón, Eduardo Niño, Wilmer Cabrera, Germán Morales, Hernando Cuero, Jorge Alberto Taverna, Osvaldo Coloccini, José Romeiro Hurtado, Astolfo Romero, Juan Carlos Rodríguez, Hamir Carabalí, Manuel Acisclo Córdoba, Víctor Lugo, Edison Álvarez, Juan Carlos Cabanillas, Óscar Alfredo Rifourcat, Álvaro Silva, William Palmero Morales, Mario Jiménez, Jorge Policía Ramírez, Sergio Checho Angulo y Armando Pollo Díaz. 1998: Bajo la dirección técnica de Mario Gómez, obtiene por segunda vez el subcampeonato local de fútbol. En 1991 la competencia local se dividió en dos torneos, Apertura (el cual ganó Alvarado) y Clausura. Acabando en segunda instancia con una racha de 20 años sin títulos y 3 sin competencia internacional.
En ella se deciden qué equipos disputan los Playoffs, qué franquicias van al play-in y el orden de elección de gran parte del Draft de la temporada siguiente, marcado en última instancia por la Lotería del Draft. En la temporada 1995/1996, la Dimayor decidió realizar un cuadrangular con los equipos que habían quedado entre el noveno y duodécimo puestos, para definir el clasificado por Colombia a la Copa Conmebol 1996, segundo torneo internacional más importante de Sudamérica en ese entonces. Nómina De La Final Copa Conmebol 1996: Rafael Dudamel, Nelson Rolo Flórez, Wilson Gutiérrez, Orlando Garza Garcés, Óscar Upegui, Roberto Vidales, Jorge Salcedo, Robert Villamizar, Francisco Pacho Wittingham, Silverio Ramón Penayo, Gustavo Díaz. Nómina subcampeona Torneo Apertura 2005: Luis Neco Martínez, Nelson Rolo Flórez, Nelson Olveira, Francisco Nájera, Francisco Pacho Delgado, Juan Carlos Ramírez, Carlos Ganiza Ortiz, Aldo Leao Ramírez, Mario Gómez, Luis Yanes, Víctor Cortés. En ese equipo jugaban el recordado goleador Hugo Ernesto Gottardi, José Luis Carpene, Diego Edison Umaña, Sergio Daniel Odine, Walter Perazzo, William Palmero Morales, Gabriel Martínez, Raúl Humberto Mora, Osvaldo Redondo, Juan Moreno, James Mina Camacho, Radamel García, Orlando Batato Castro, Eusebio Vera Lima, Heriberto Niño, Osvaldo Santos, Víctor Curramba Palacios, Miguel Alonso Pacheco y Hernando Cuero.
Pero, ¿y las insinuaciones de LeBron James? En octavos de final, Santa Fe quedó eliminado a manos de las Chivas de Guadalajara, luego de que en la ida perdieran 3-0 y en el partido de vuelta en Bogotá se impusieran por 3-1, quedando eliminados con un marcador global de 4-3. Un factor determinante en dicha derrota fue el lamentable deterioro de la gramilla del Estadio Nemesio Camacho El Campín. Fue entonces el 22 del mismo mes en el Estadio Nemesio Camacho El Campín donde se disputó el partido de vuelta de la final, un encuentro cerrado y sin mucha claridad por parte los dos equipos; tanto así que fue solo en el minuto 59 del segundo tiempo se abrió el marcador por medio del delantero “escarlata” Jairo Catillo. Para el Torneo Finalización 2006, Ricardo Gareca dimite a su cargo en la octava jornada luego de la goleada sufrida por Santa Fe 1-4 frente al Deportivo Pereira en el Estadio El Campín. Las obras realizadas durante su presidencia incluyen la finalización del codo noroeste iniciado en la presidencia de Abraham Litvak, la construcción total del codo suroeste y diversas refacciones del estadio, el saldo de deuda de la exsubsede de calle Ricchieri, la construcción del Gimnasio Juan Pelatto y la cancha de básquet, la compra del terreno de Avenida Circunvalación y de la sede social de Rosario de Santa Fe y subsuelo de la misma, y la construcción de un gimnasio cubierto en La Boutique.
Al final de la temporada, luego de acceder nuevamente a los cuadrangulares semifinales del Torneo Finalización 2005 con 29 puntos en el octavo lugar, Santa Fe no consiguió clasificar a la final como sí había ocurrido en el Torneo Apertura; quedó al término de esta fase como tercero del cuadrangular B con 8 puntos. Pasaron 4 años y el club no consiguió clasificarse entre los mejores hasta el año de 1987, cuando logró el tercer lugar, por detrás de Millonarios y América, y el cuarto lugar en el año de 1988, por detrás de Nacional, Millonarios y América. Pasaron 3 años para que Santa Fe figura de nuevo en el panorama internacional, esta vez en la Copa Merconorte 1999, gracias a una invitación que le hizo la Conmebol, y donde participó junto a Millonarios y América de Cali, como representativos colombianos. Millonarios 7-3; en esta ocasión clasificó a los cuadrangulares semifinales, pero terminó tercero, detrás de América de Cali y Atlético Nacional. A pesar de perder en la última fecha frente al Atlético Huila, Santa Fe llegó a la final.