En el resto de las fases finales se ha jugado bajo el sistema barça camiseta de eliminación directa. Una tarjeta amarilla y una tarjeta roja directa 4 puntos. El sistema de puntuación se modifico a partir de la temporada 1995-96, otorgando ahora 3 puntos por victoria. El formato consistía en series a visita recíproca entre aquellos equipos involucrados con las condicionantes mencionadas, es decir, el sublíder de grupo se enfrentaría a aquel club que lo hubiera superado en puntos en otro grupo, y no fuera el sublíder de este; todo ello respetando la posición en la tabla general para la definición del rol de juegos, y considerando los mismos criterios de desempate vigentes de las rondas subsecuentes. De acuerdo con los reglamentos vigentes, en los casos de empate en marcador global, el criterio de desempate en liguilla ha variado, incluso siendo distintos para las fases previas (reclasificación, cuartos de final y semifinales) y para la final. Este criterio se anula en la final por el título; por lo tanto en esta, en caso de empate global habrá prórroga con tiempos extras y, de ser necesario, ronda de penales.
Entre las temporadas 1970-71 a 1973-74, se contempló para todas las fases (entonces únicamente semifinales y final) un tercer partido de desempate a disputarse en cancha neutral, y de persistir la igualdad, tiempos extras y penales. El criterio de desempate para definir el título siempre fue la realización de enfrentamientos directos entre los involucrados, ya fuera en uno o dos duelos en cancha neutral, e incluso fases finales de haber más de dos implicados; este sistema se mantuvo vigente, igualmente hasta el Torneo México 1970. Sin embargo solo en ocho ocasiones fueron necesarios partidos extra por el título al producirse un empate en el primer lugar de la tabla; esto fue en los torneos 1923-24, 1925-26, 1931-32, 1941-42, 1943-44, 1947-48 y 1955-56, incluso en la campaña 1933-34 se realizó un triangular de desempate. En el cuadrangular final de 1974-75, de haber existido empate entre los involucrados por el campeonato, estaba prevista la realización de una final de partido único en cancha neutral. El primer partido se celebró en 2002, y a pesar de saldarse con una derrota por 1 a 3, fue positivo para Cataluña al reunir a casi 98 000 espectadores. El mismo venía jugando buen fútbol y derrotando a sus rivales, sin embargo llegaría un partido diferente en donde el técnico de Danubio, Leonardo Ramos, camiseta de alemania en ese tiempo plantearía una presión importante durante casi todo el transcurso del cotejo.
En tanto que los peores 4 equipos de cada grupo de la primera fase, se ubicaron en uno llamado De descenso, jugaron entre ellos duelos ida y vuelta, sin embargo no hubo descenso al final del torneo. A partir de la temporada 2020-21, no solo se suspendió el descenso, sino que los calendarios dejaron de ser «espejo», es decir, los enfrentamientos de vista recíproca entre certámenes dejaron de ser en la misma jornada, sorteando los duelos respetando la localía invertida. La división ordenada por fechas y la elaboración de un ronda de partidos en primera y segunda vuelta, con calendarios de localías invertidas de una a otra mitad del torneo, comenzaron a usarse en la temporada 1950-51. Con el paso de los años, la masificación de los medios de transporte, la generalización de estadios con alumbrado, la expansión de la televisión, y diversos factores socioeconómicos, terminaron por definir las calendarizaciones. Previo a la ronda de cuartos de final, habrá una fase preliminar llamada play in en la que participarán los clubes ubicados entre las posiciones 7 y 10 de la tabla general.
El resto de la fase final consistirá en partidos de visita recíproca de cuartos de final, semifinal y la final. La primera liguilla en 1970-71 solo consistió en la gran final, que disputaron a visita recíproca los líderes grupales. Suiza, España, Portugal, Yugoslavia, Austria, Países Bajos, Italia, Protectorado del Sarre, Dinamarca, Francia, Hungría, Bélgica, Suecia, Polonia, Alemania y Escocia fueron los representantes finales a un torneo que contó con notables equipos ausentes en esta primera edición debido a la falta de consolidación de la recién creada UEFA para darle proyección suficiente y la indiferencia de la Federación Internacional de Fútbol Asociación (FIFA) con el incipiente torneo. El 1-1 hizo que Escocia se clasificase, pero a medida que los jugadores y aficionados celebraron el éxito, el seleccionador Jock Stein sufrió un ataque al corazón y murió poco después. 45 minutos, con un periodo intermedio de descanso que no podrá exceder los 15 minutos, debiendo establecer su duración el reglamento de cada competición. De esta manera, el equipo neerlandés se convirtió en el segundo conjunto tras el Real Madrid en conseguir el trofeo en propiedad por vencer la competición tres veces seguidas.