Nel 1987 il club, nonostante i problemi economici e la bassa età media della squadra (22 anni), vinse la sua quinta Libertadores, battendo in finale il América de Cali, grazie a una rete di Diego Aguirre al 120º minuto della «bella» disputata in Cile. Il Peñarol ha vinto cinque volte la Coppa Libertadores (Copa de Campeones de América fino al 1964) e tre volte, a pari merito con i rivali del Nacional, la Coppa Intercontinentale, assegnataria del titolo mondiale. Nei mesi finali dell’anno, il Peñarol vinse di nuovo il campionato uruguayano, e, per la sua prima volta nella storia, la Coppa Intercontinentale, battendo i portoghesi del S.L. Nel 1984 e nel 1986, vinse di nuovo il campionato uruguayano, con quest’ultimo trionfo particolarmente unico, dato che i problemi economici del club non permisero alla squadra di disputare la prima partita dell’anno, portando alla perdita di punti preziosi. Peñarol vinse di nuovo il campionato uruguayano nel 1964 e nel 1965, perdendo la finale di Libertadores l’anno successivo (contro l’Independiente). Al termine della prima fase, il club aveva accumulato 32 punti, gli stessi del Nacional, ma nella fase finale non riuscirono a vincere il titolo per un punto. In quello stesso anno il Peñarol vinse il suo primo campionato professionistico con 17 vittorie in 27 partite, che consentirono loro di accumulare 40 punti, 5 in più della seconda classificata, il Rampla Juniors.
Nel 1983, il club in campionato si piazzò solo al settimo posto, ma raggiunse di nuovo la finale di Libertadores, perdendola però contro il Grêmio. A conclusione di questo ciclo, in settembre i blancos si aggiudicheranno la loro prima Coppa Intercontinentale in una doppia finale contro il Peñarol. In questa stagione la squadra Allievi juventina conquistò per la prima volta il titolo di campione d’Italia. Nel frattempo il Peñarol vinse un altro titolo nazionale. Dopo due secondi posti nel 1976 e nel 1977, l’anno successivo il Peñarol vinse il suo ventiquattresimo campionato, mentre Morena batté due record, quello del maggior numero di reti segnate in una stagione (36), e quella del maggior numero di reti segnate in un incontro, 7 contro il Huracán Buceo. Cristante invece è una nostra ex bestia nera e conosce bene la Serie A, mentre Nzonzi porterà esperienza: è un onore che un giocatore di questo calibro abbia scelto la Roma». Non sappiamo se elencare dei precedenti, raccolti qua e là, vada a beneficio o a detrimento del blasone delle merengues, che si vedranno accomunate a nazionali africane e a club della Serie B italiana. Dopo lo sciopero dei calciatori professionisti del 1948 che portò alla sospensione del campionato uruguayano, nel 1949 il Peñarol vinse un altro campionato, staccando di 4 punti il Nacional; Óscar Míguez, inoltre, vinse il titolo di capocannoniere del campionato.
Vince la Coppa de Oro Argentina (1º titolo). 10-10-2017 Quito Ecuador 1 – 3 Argentina Qual. Nel 2010, il Peñarol ebbe una serie di 15 partite di fila senza subire sconfitte, chiudendo il campionato uruguayano di Clausura senza subire sconfitte, prima squadra a riuscire nell’impresa da quando il campionato è suddiviso in Apertura e Clausura. La squadra che riuscì nell’impresa era allenata da Gregorio Perez. E’ stato infatti ufficializzato l’accordo che legherà per dieci anni la squadra di calcio inglese e il brand tedesco di abbigliamento sportivo. Nel 1926, il Peñarol vinse il campionato della cosiddetta Provisional Council, competizione che sorse in seguito alla riunificazione del calcio uruguayano fino all’anno prima scisso tra due federazioni (AUF e FUF), ma il campionato non è attualmente riconosciuto come ufficiale dalla AUF, anche se fu l’unico campionato uruguayano disputato in quell’anno. Nella stessa stagione, il club disputò e perse la Coppa Intercontinentale, competizione inventata nello stesso anno, pareggiando 0-0 in casa e perdendo 1-5 in Spagna contro i Campioni d’Europa del Real Madrid. Dopo un secondo posto nel 1933, campionato in cui John Young divenne il primo giocatore del club a diventare il capocannoniere di un campionato professionistico con 33 gol, il Peñarol vinse il primo di 4 campionati consecutivi (1935-38), oltre alla Competizione Campionato nel 1936. In questo periodo Francisco Tochetti divenne il secondo presidente onorario del club.
In questo periodo il Peñarol batté anche un altro record, rimasto tuttora imbattuto, quello delle partite consecutive senza subire sconfitte in un campionato professionistico sudamericano di Prima Divisione, ben 56 incontri tra il 3 settembre 1966 e il 14 settembre 1968, quando furono sconfitti 0-2 contro il Liverpool Montevideo. Tra i giocatori del Peñarol da ricordare di quel periodo vi erano Luis Cubilla, Pedro Virgilio Rocha, Alberto Spencer e Juan Joya, tra gli altri. Nei tafferugli del 94/95 a Torino gli interisti persero gli striscioni “Nuova Guardia”, preso peraltro quando era appeso alle recinzioni esterne dello stadio da due ragazzi entrati in campo indisturbati, maglie calcio real madrid “Viking” e “Irriducibili”. Nel 1986 un gruppo di tifosi decise di lasciare i los Chupes per creare un diverso gruppo di ultras: gli Skinhead. Tuttavia, nel 1966 il Peñarol vinse il suo terzo titolo continentale, battendo in finale il Club Atlético River Plate nella bella disputata a Santiago in Cile per 4-2. Nello stesso anno, vinse la sua seconda Coppa Intercontinentale, battendo il Real Madrid per 2-0, sia al Centenario che a Madrid.