En los cuartos de final contra Alemania, habiendo terminado el encuentro igualado con un gol para cada equipo, le tocó ser uno de los encargados de la definición por penales, convirtiendo su tanto. En el debut de Diego Maradona como director técnico de la selección argentina en un amistoso contra Escocia, en Glasgow el 19 de noviembre de 2008, marcó el único gol del encuentro para la victoria albiceleste. Su debut con la selección mayor no podría haber sido mejor, ya que metió un gol (aunque lo contaron como gol en contra del arquero). Este partido fue además el del debut con la selección mayor de Lionel Messi. El partido fue contra Japón en Osaka por la Copa Kirin, en una victoria de la Albiceleste por 4-1. Rodríguez ingresó a los 75 minutos por Santiago Solari y apenas 7 minutos después metió un gol, un fuerte remate desde afuera del área que rebotó en el arquero japonés y fue contabilizado como gol en contra de este.
Un año y medio después, sin tanto rodaje en el Athletic, donde esta temporada disputó 14 partidos pero pasó apenas 418 minutos en la cancha, aparece como una opción concreta para Fernando Gago y compañía. Tras su debut mundialista contra Costa de Marfil el 10 de junio de 2006, marcó su primer gol seis días más tarde, el primer tanto de la goleada de Argentina ante Serbia y Montenegro por 6 a 0, en el que también marcó un segundo gol. El 24 de junio de 2023 tiene su merecido homenaje en el estadio del club Newell’s Old Boys. A mediados de 2017, por diferencias insalvables con la cuestionada dirigencia de la institución, entre lágrimas, en rueda de prensa anunció su desvinculación del club que lo vio nacer como profesional y del cual es hincha fanático. Se retiró del fútbol profesional el 6 de diciembre de 2021 disputando su último partido frente a Banfield, en la jornada número 24 del torneo de primera división del fútbol argentino.
Su bajo rendimiento se hizo más notorio desde la Copa América 1987 y 1989, en las cuales no pasó de la primera fase. Su primer partido por los puntos fue el 9 de octubre de 2004 por las eliminatorias para el Mundial 2006 contra Uruguay, con una victoria por 4-2. En 2005 formó parte del plantel argentino que salió subcampeón de la Copa Confederaciones. El 21 de julio de 2004 quedó marginado de la lista para afrontar los Juegos Olímpicos de Atenas 2004 donde quedó como uno de los cuatro reservas junto a Gonzalo Rodríguez, Leandro Fernández y Oscar Ustari. Las figuras de aquella selección fueron Oscar Furlong, Ignacio Poletti «el bombardero», Ricardo González, Hugo del Vecchio, entre otros. Además de los diarios deportivos, y suplementos de los periódicos de información general, también hay multitud de medios digitales que aportan una gran cantidad de información sobre fútbol como DonBalon, Noticias de fútbol 90min, Futbolistadigital, Laligaennumeros, Panenka, La Futbolteca, Fútbol en la TV, Goal España, Defensa Central, Diario Bernabeu Digital, Salmon Palangana, Deportes y Finanzas, Abierto 24 horas, Futbolitis, Wanderers Fútbol, El Enganche, Ecos del balón, FC Barcelona noticias, Weloba, Los otros 18, La libreta de Van Gaal, Merca Fútbol, Rayo Herald, Mi Rondo, Marcador Internacional, Me gusta el fútbol, El Apunte, Blog Uría, Underground Football, Revista Libero y otros.
Junto a él volvieron otros futbolistas de renombre mundial como Ignacio Scocco y Gabriel Heinze, esto sumado a los refuerzos y la conducción técnica de otro hombre de la casa que volvió para dar su ayuda, Gerardo Martino, no sólo lograron sacar al equipo de este durísimo momento, sino que además lograron consagrarse campeones del Torneo Final 2013 con demostraciones de un fútbol elegante y magistral como hacía mucho no se veía en la Argentina, además de haber alcanzado en el plano internacional las semifinales de la Copa Libertadores de América de ese mismo año. En los Cuartos de final por los Play Offs, cayó derrotado ante Ben Hur por 2-0 y se despidió del certamen internacional. Anotó otro gol en el primer partido posterior a la Copa América, un amistoso en Oslo contra Noruega el 22 de agosto, sin embargo Argentina cayó contra el local por 2-1. Dio una asistencia en la victoria en El Cairo 2-0 contra el local, Egipto, un amistoso del 26 de marzo de 2008. Nuevamente tuvo una participación estelar al meter un gol y dar una asistencia en la goleada 4-1 a México en Illinois, el 4 de junio del mismo año. En este torneo, Atlético Junior, representando a Colombia, jugó contra Brasil (perdiendo 3-0), contra Uruguay (perdiendo 7-0), Chile (perdiendo 2-0), Argentina (perdiendo 9-1), Ecuador (ganando 3-1) y Bolivia (empatando 3-3). Al final del torneo, Atlético Junior terminó quinto con 3 puntos, superando a Bolivia (2 puntos) y Ecuador (1 punto).
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